Комисията счита, че България не е успяла да изпълни изискванията на Директивата за вземане на всички адекватни мерки да се ограничи възможният риск за човешкото здраве и околната среда, които биха възникнали вследствие на тези дейности.

Искането е отправено под формата на „мотивирано становище“ съгласно прилаганите в ЕС процедури за нарушение. Сега България има на разположение два месеца да информира Комисията относно мерките, взети за правилното прилагане на Директивата; в противен случай Комисията може да реши да заведе дело срещу нея в Съда на Европейския съюз.

Проблемът е в това, че когато микроорганизмите биват генетично модифицирани, култивирани, съхранявани, превозвани, унищожавани или използвани по друг начин, хората и околната среда могат да бъдат изложени на риск. Директива 2009/41/ЕО изисква държавите-членки да гарантират, че са взети всички необходими мерки за избягване на дейности, свързани с генетично модифицираните микроорганизми, които имат негативни последици за човешкото здраве и околната среда.

Комисията счита, че начинът, по който България е приложила Директивата, не е в състояние да контролира всички възможни рискове за човешкото здраве и околната среда. Например, Директивата изисква на компетентните органи да се съобщава всякаква нова информация за – или промяна в – дадена дейност с възможен значителен риск, докато националното законодателство изисква подобно съобщаване само ако съществува нова научна или „друга“ информация. България също не е успяла да осигури правно своето задължение да изпраща на Комисията годишни доклади по определени дейности.

В отговор на откритата от Комисията на 15 април 2010 г. процедура за нарушение България измени своя Закон за генетично модифицираните организми. Новите разпоредби обаче не засягат всички пропуски в националното законодателство, констатирани от Комисията. Вследствие на това Комисията реши да изпрати на България мотивирано становище, в което официално изисква страната ни да се съобрази с всички аспекти на Директивата.